Des vestiges funéraires laissés par des bergers de la Protohistoire sur les pentes de La Rhune attestent d'une présence humaine très ancienne sur le territoire.

Mais la vie de la commune n'est documentée qu'à partir du Xe siècle grâce au cartulaire de l'évêché de Bayonne qui y mentionne la présence d'une église en 1050. En 1505, Juan de Agorreta Ascanio, seigneur du lieu, fait enregistrer ses armes : « d'or au chêne de sinople, arraché de trois pièces du même, fruité d'or, au sanglier au naturel brochant sur le fût de l'arbre ; à la bordure de  gueules chargées de huit croix de Saint-André d'or ». Le Parlement de Bordeaux confère en 1598 à Ascain ses statuts municipaux.

Le XVIe siècle est de sinistre mémoire pour le village livré à l'acharnement fanatique du conseiller Pierre de Lancre chargé de lutter contre la sorcellerie dans la province du Labourd : il mène au bûcher en 1609 le curé d'Ascain, Argibel. Liée à la guerre de Trente Ans, l'occupation espagnole de Saint-Jean-de-Luz et de sa région n'épargne pas Ascain dont de nombreuses maisons sont pillées et brûlées. En 1656, une guerre civile de deux ans, menée par Martin Chourio, natif d'Ascain, pour le contrôle du bailliage du Labourd, déchire les familles d'Ascain et des villages voisins, regroupées en « xabelgorri » (ceinture rouge) et « xabelchuri  (ceinture blanche) suivant qu'elles appuient le seigneur de Saint-Pée-sur-Nivelle ou celui d'Urtubie.

La Révolution française sème la Terreur à Ascain comme dans les villages avoisinants, entraînant la déportation d'une partie de la population suspecte de complicité avec l'ennemi espagnol et de trop grande fidélité au clergé réfractaire. En 1813, l'armée d'Espagne de Napoléon pourchassée par celle de Wellington se replie sur les hauts de La Rhune mais doit se rendre malgré les fortifications qu'a fait édifier le maréchal Soult.
La villégiature à Biarritz de Napoléon III et de l'impératrice Eugénie, friande d'escapades en montagne et de « folklore » avant la lettre, entraîne à Ascain la cour impériale de passage pour l'ascension de La Rhune et lui vaut les largesses de l'Empereur qui offre un pont en bois sur La Nivelle, fait restaurer l'église et percer la route de Sare (actuelle rue Ernest Fourneau, du nom du fondateur de la chimie thérapeutique française, né à Biarritz en 1872 et mort en 1949 à Ascain où il avait acquis une maison en 1917).

Grâce à ses nombreux séjours à l'hôtel de La Rhune et à son amitié avec son propriétaire, Jean-Pierre Borda, célèbre pelotari pratiquant la chistera, d'où son surnom d'« Otharre » (le panier), Pierre Loti donne un cadre, des personnages et des couleurs à son roman « Ramuntxo » (1896) qui va devenir un best-seller et populariser une certaine image du Pays basque et d'Ascain.
Dans l'Entre-deux-guerres, avec l'essor de la Côte basque, l'hôtel Etchola (aujourd'hui transformé en appartements) devient un lieu de rendez-vous de célébrités désireuses de goûter aux charmes de l'arrière-pays.

Lors de la Seconde guerre mondiale, le village se distingue par sa participation active à l'évasion des hommes qui rejoignent la France libre, saluée par le Général de Gaulle lors de sa visite à Ascain en 1947, et de ceux qui sont pourchassés par le régime nazi.